要前往并完成口袋妖怪火红中一到三岛的全部任务，其所需时刻并非固定，主要取决于玩家的游戏熟练度、队伍培养情况以及寻觅的细致程度，整个经过是一系列连贯剧情流程的集中，无法跳过。这个任务线的开始本身就存在硬性门槛，你必须先彻底完成关都地区的主线剧情，即击败八个道馆馆主并成功挑战四天王成为联盟冠军，这是大木博士为你开始后续岛屿任务的前提条件。达成此条件后，你才会在真新镇从大木博士那里接到新的指示，从而启动前往一之岛的旅程。

任务流程的开端是获取前往枯叶市码头乘船的资格，决定因素在于取得船票。这张船票需要你在华蓝市帮助因实验失败而变成宝可梦的正辉，他恢复原样后会作为谢礼赠予你。持有船票后，你便能在枯叶市的码头乘坐名为海狮号的渡轮前往一之岛。抵达一之岛后，你需要前往岛屿的网络中心，在那里承接寻找红宝石的决定因素任务。接着前往灯火山，在山顶区域可以遭遇并收服传说的宝可梦火焰鸟，同时在山脚或内部的洞穴中找到任务所需的红宝石，将其带回网络中心交还后，你的船票便会更新，获取前往更多岛屿的通行权限。

解开航行权限后，返回枯叶市码头即可自在选择前往后续岛屿。前往二岛通常是为了推进特定剧情，例如帮助一位父亲寻找失踪的女儿。完成二岛的事务后，再次和船长对话便能出发前往第三岛。三岛上的挑战更为密集，你会遇到自称暴走族的训练家拦路对战，而且需要化解和火箭队残党相关的剧情事件。整个流程中包含了寻觅洞穴、解开简单谜题、完成NPC委托以及多次往返岛屿的交涉，流程较为繁琐。即使对于熟悉流程的玩家，认真完成全部战斗和对话也需要投入等于一段时刻。

整个任务线强烈依赖特定的秘传进修器技能来寻觅地图。你需要运用居合斩来清除通往华蓝市右侧道路和特定岛屿区域的树木障碍；需要运用冲浪术渡水前往某些地点；在部分洞穴中也许还需要闪光术来照明。这意味着你必须提前规划好携带这些技能的宝可梦。途中的训练家战斗频率不低，尤其是在船上和三岛，确保你的队伍拥有足够的等级和应对多种属性类型的策略是顺利推进、避免反复练级从而节省时刻的决定因素。任务完成后，你依然可以随时通过枯叶市的港口重返这些岛屿进行寻觅或捕捉之前未获取的宝可梦。